Sin dagli inizi, uno dei pilastri delle attività del DHI è costituito dalla ricerca di base.

"Nuntiaturberichte" e Instructiones Pontificum Romanorum

I Nuntiaturberichte – vale a dire le corrispondenze diplomatiche tra i nunzi e legati apostolici presso la corte imperiale e nell'Impero da una parte e la Segreteria di Stato pontificia dall'altra – non costituiscono solo, grazie alla loro continuità cronologica, una raccolta di fonti unica per quel che riguarda le vicende politiche ed ecclesiastiche nell'area tedesca durante il Cinque e Seicento, ma aiutano anche a comprendere la politica europea del papato, nonché la storia e le peculiarità della diplomazia pontificia. Nei lavori all'edizione dei Nuntiaturberichte aus Deutschland sono stati coinvolti, con una suddivisione dei campi di ricerca, anche l'Istituto Austriaco, l'Istituto romano della Görres-Gesellschaft e, nel periodo tra le due guerre, l'allora Istituto Cecoslovacco a Roma. Nella cornice di analoghi progetti editoriali, altri istituti di ricerca presenti a Roma si occupano della corrispondenza diplomatica pontificia relativa alla Francia e all'Italia, al Belgio e all'Olanda, alla Svizzera e alla Polonia.

Inoltre è stata riconosciuta, in misura crescente, la rilevanza delle istruzioni generali (Instructiones Pontificum Romanorum). Nel frattempo sono state pubblicate, su incarico dell'Istituto Storico Germanico, tutte le istruzioni generali relative a tre pontificati.