Sin dagli inizi, uno dei pilastri delle attività del DHI è costituito dalla ricerca di base. Repertori ed edizioni non si pubblicano più nella sola forma cartacea, ma sono consultabili, per la maggior parte, anche mediante banche dati o in versione digitale.
- Rapporti di Cesare Orsenigo, nunzio apostolico in Germania, inviati tra il 1930 e il 1939 alla Segreteria di Stato del Vaticano
- Informazioni bibliografiche sulla storia contemporanea italiana
- Codex Diplomaticus Amiatinus
- Concentus musicus
- Benito Mussolini – Il calendario di servizio 1923–1943. Edizione Digitale
- Pellegrini tedeschi a Roma ai tempi di Goethe. Ricostruzione e edizione digitale di una fonte andata persa
- Biblioteca digitale Duilio Susmel. Fondo giornali sul fascismo in Italia
- Eugenio Pacelli. Kritische Online-Edition der Nuntiaturberichte von 1917–1929
- Ferdinand Gregorovius: poesia e scienza. Raccolta di lettere scritte in italiano e in tedesco
- Istruzioni generali (Instructiones Pontificum Romanorum)
- Ludovico I di Baviera e Johann Martin von Wagner. Il carteggio
- Corpus delle iscrizioni in Santa Maria dell'Anima. Parte I: dal medioevo al 1559
- Il Fondo Libretti della Sezione di Storia della Musica del DHI Roma.
Retroconversione e digitalizzazione - MUSICI. Musicisti europei a Venezia, Roma e Napoli (1650–1750): musica, identità delle nazioni e scambi culturali
- Nuntiaturberichte aus Deutschland nebst ergänzenden Aktenstücken
- I fondi operistici nelle biblioteche di alcune case nobili romane
Recupero e digitalizzazione - La presenza di unità militari tedesche in Italia 1943–1945
- Regesta Chartarum Italiae
- Repertorium Germanicum
- Repertorium Poenitentiariae Germanicum
- Robert Davidsohn. Memorie dei tempi di guerra
- La fazione spagnola presso la corte imperiale (1548–1659). Indice digitale
- Vatikanische Akten zur Geschichte des deutschen Kulturkampfes. Edition der Sitzungsprotokolle der "Sacra Congregazione degli Affari Ecclesiastici Straordinari" 1880–1884; Leo XIII, 1878–1880
